Als Dachorganisation bietet der bevh Mitgliedern die Möglichkeit, sich in Fachgemeinschaften zu organisieren, um besonderen rechtlichen oder vertriebsbezogenen Aspekten Raum zu geben.
Aktuell haben sich im bevh die Fachgemeinschaften "buch.netz", "FORUM Lebensmittel" und "Marktplätze und Plattformhandel" konstituiert. Sie treten mit eigenem Sprecher an die Öffentlichkeit und können eigene Positionen vertreten, die nicht die Auffassung des gesamten Verbands repräsentieren müssen. Die Fachgruppen sind zudem Träger weiterer Initiativen, die für die spezielle Teilbranche ins Leben gerufen werden. So sind kurze Informationswege und eine agile Entscheidungsstruktur möglich.
Der bevh ist offen für weitere Fachgemeinschaften, um so die Breite des E-Commerce zu repräsentieren.